在了解了顯微鏡各主要部件的名稱、構造和功能之后，為了更好地發揮顯微鏡的各種功能，提高工作效率，保證在顯微觀察及顯微照像過程中取得佳效果，使用人員必須了解和掌握顯微鏡正確的調試方法和使用方法。尤其在新一代顯微鏡中，具備了多種功能，能進行多種顯微鏡檢方法觀察，正確的試調方法和使用方法就顯得尤為重要。下面以研究顯微鏡為例，簡述調試及使用方法。
1. 顯微鏡照明光路系統的調整
為了使顯微鏡的視野能受到均勻而又充分的照明，在顯微鏡初次安裝和調試時，就必須把照明光路系統調整好，這是正確使用顯微鏡，并獲得正確、可*結果的重要手段和基本的要求。此外，正確掌握照明光路系統的調整，是使用顯微鏡過程中更換光源燈泡后所必經的步驟，也是在日常使用過程中不時地檢驗顯微鏡性能的必要手段。顯微鏡照明光路系統的調整主要有以下4項內容：
(1) 照明光源燈室在顯微外的初步調整
① 首先將燈室的外殼打開，壓彈簧夾子將鹵素燈泡裝入插座中，安裝時避免手指直接接觸燈泡（可用柔軟的布或紙隔住），以免燈泡上留有指紋等臟物，影響燈泡的使用壽命。
② 把燈室擺在桌面上，接通電源后，用的螺絲刀調節燈的調焦旋鈕孔（標有“←→”），使燈絲投影在1-2m外的墻上，將燈絲成像調至清晰；然后調節燈的高低位置調節絲孔（標有“──”），使燈絲位置高低適當；再調節燈的左右位置調節螺絲孔（標有“──”），使燈絲左右位置合適。
(2) 光源發光體（燈絲）在顯微鏡內位置的檢驗和校正 目的是為了把發光體的像端端正正地調入物鏡的視域范圍內，從光源的角度去確保顯微鏡的視域受到充分而均勻的照明，這是調整庫勒照明系統的前提條件。需要的基本工具：對中望遠鏡購置顯微鏡時已配備。
① 拔掉燈庫內的毛玻璃套筒，把燈室裝回顯微鏡上；
② 選用10×物鏡，開亮光源程序找樣品并調焦清晰，再換用40×物鏡把樣品調焦清 晰（40×物鏡可以看清燈絲的全貌）；
③ 把聚光鏡的孔徑光闌和視場光闌均開到大；
④ 拔掉其中一個目鏡，換上對中望遠鏡，抓住白色部分，另一手伸縮黑色接目鏡，就可在視野中看到燈絲像；
⑤ 如燈絲位置不合適，調“──”孔，把燈絲像沿水平方向調好，調“──”孔，把絲像沿垂直方向調好，直至將燈絲像調至剛好充滿物鏡孔徑的光圓像；
⑥ 調整完畢后，將毛玻璃套筒插回原位，拔掉對中望遠鏡，換回目鏡作下一步調整。以上所述照明光源燈室在顯微鏡外的調整和光源發光體在顯微鏡內位置的校驗，只需在顯微鏡初次安裝調試及更換燈泡時進行，平時使用顯微鏡時不能隨意亂調亂動。萬一調亂時，可按上述步驟調回原狀。
(3) 庫勒照明（Kohler）系統的正確調整 顯微鏡的正確調試，主要工作之一是照明光路系統的調整，而其中的關鍵是庫勒照明系統的調整。對于每一位使用顯微鏡的人員，特別是作顯微照像的人員來說，應該對庫勒照明系統的原理及其調整步驟有一定的了解和掌握，才能充分發揮顯微鏡應有的功能，拍出來的照片才能在效果上比較一致而又完善。庫勒照明系統的原理簡單來說就是：光源發光體上任意一點發出的光，可以照明顯微鏡的視域范圍，而光源發光體上每一點所發出的光匯集起來，在顯微鏡的視域中就實現了非常充分而又均勻的照明。調整庫勒照明系統的目的，是為了使所觀察的視域能獲得均勻而又充分的照明，防止雜散光對照像系統造成影響或干擾，以免照像時在底片形成灰霧。高調整庫勒照明系統的必要部件：視場光闌、可進行合軸調整的聚光鏡系統。
① 選用10×物鏡和10×目鏡；
② 把聚光鏡前端透鏡擺進光路中，孔徑光闌調至適中的位置上（不大不小），再把聚光鏡升到頂的位置上，聚光鏡轉盤調至明視野“J”位置；
③ 把視場光闌調至小（0.1）；
④ 載物臺上放上已封片的生物樣品，開亮光源，調焦清晰；
⑤ 視域中會出現一個局部照明的區域或亮斑，這是視場光闌的模糊像，在其中可以清晰地看到樣品的細節；在它之外是較暗的視域，不一定能把樣品的細節看得清楚；
⑥ 把聚光鏡微微地向下調，使視野中的亮斑逐漸收小，慢慢變成一個清晰的多邊形象，這便是視場光闌的清晰像；
⑦ 一般情況下，多邊形象并不在視域中央，需要調整聚光鏡的一對調中螺絲，把視場光闌多邊形的像調至中央位置；
⑧ 逐漸開大視場光闌，使多邊形象成為視域的內接多邊形，進一步核對調中的狀況，如對中不夠理想，繼續微微調對中螺絲；
⑨ 將視場光闌稍為再微微開大一些，使它的多邊形象恰好消失在視域的邊緣上，至此，庫勒照明系統調整完畢。 庫勒照明系統調整好以后，整個視域照明均勻，拍攝的顯微照片明亮清晰，反差正常。在日后使用過程中應特別注意： a. 視場光闌不可任意開大，但可隨物鏡倍數的增大而將視場光闌收小，隨物鏡倍數的減小而開大； b. 聚光鏡的高低位置不準亂調，否則會破壞已調整好的庫勒照明系統； c. 使用10×以下物鏡時要將聚光鏡前端透鏡擺出光路外，使用10×或10×以上物鏡時要將前端透鏡擺入光路中； d. 關于物鏡倍數與視場光闌大小配合問題，在實際使用過程中，作為一般觀察不一定要收小或開大視場光闌，但作顯微照相時，為了避免雜散光線對照相系統的干擾，以便能拍攝到較完善的照片，則應在使用每一個倍數的物鏡時，把視場光闌調節到正好消失于所觀察的視域邊上，這是比較繁復的工作，但又非做不可。較為簡便的方法是把與各個倍數物鏡相對應的視場光闌事先調整好，并作好記號，以后使用時根據記號直接調至相應的位置。
(4) 孔徑光闌的正確使用 由于聚光鏡的孔徑光闌可以影響顯微鏡的分辨率，使用時應掌握正確的使用方法。過去由于對孔徑光闌的認識不足，往往把它當作是調節視野亮度的工具。雖然調節孔徑光闌在一定程度上可以改變視野的亮度，但會直接影響成像的反差、對比度及分辨率，在使用過程中應盡可能避免。為了發揮聚光鏡孔徑光闌的作用，以便在觀察時，尤其在作顯微照相時獲得佳分辨率，在每換用一個倍數的物鏡時，在樣品調焦清晰后，需要調節孔徑光闌，使它的大小正好等于所用物鏡數值孔徑（物鏡孔徑像）的2/3 。 調整方法是用對中望遠鏡對焦于視野中黑色相差環上，調節孔徑光闌，可以看到一個多邊形的孔徑光闌像，然后調到等于物鏡孔徑像的2/3，即介于黑色相差環外與圓形視域內之間。為方便起見，可把與各倍數物鏡相對應的孔徑光闌預先調整好，并作好標記，以免每次使用都要重新調整。
2. 顯微鏡成像光路系統的調整及顯微鏡檢術概要 顯微鏡成像光路系統的調整，是根據不同顯微鏡檢術的需要而進行的。所謂顯微鏡檢術（microscopy），概括而言就是以顯微鏡觀察樣品時所使用的照明方法，以及如何使樣品所成的像能獲得更良好反差的技術與方法。以下簡述顯微鏡檢術中已成熟的幾種方法及對應的顯微鏡成像光路系統的調整方法。
(1) 透射光明視野（brightfield） 這是自顯微鏡發明以來傳統、普遍的應用方法。基本部件： a. 物鏡：任何物鏡都可作明視野觀察； b. 聚光鏡：各種聚光鏡均可，配有孔徑光闌。調整方法：在上述顯微鏡的庫勒照明系統調整好后，即可應用明視野法。 適用范圍：所有已染色的組織切片、血液涂片等。 注意事項： a. 使用明視野方法觀察時，一定要將庫勒照明系統調整好； b. 視場光闌不可任意開大，使用10×、10×以下和10×以上物鏡時，要將聚光鏡前端透鏡分別擺事實出和擺進光路中； c. 不可用聚光鏡的孔徑光闌來調節視野的亮度，更不要亂調聚光鏡的高低位置，否則，會降低顯微鏡的分辨率和破壞已調整好的庫勒照明系統； d. 作顯微照相時，每換用一個倍數的物鏡，就要調節聚光鏡的孔徑光闌，使它的大小正好等于所用物鏡數值孔徑的2/3 。
(2) 透射光相差法（phase-contrast） 這是現代顯微鏡檢術中的一種反差增強法。基本部件：相差物鏡、明視野與相差兼用的多用途聚光鏡、對中望遠鏡、綠色濾光片。 調整方法： a. 在庫勒照明系統調整好的基礎上，用明視野方法把樣品調焦清晰； b. 把聚光鏡轉到Ph1對準轉盤刻度線位置，選用10×相差物鏡，換上待觀察的透明樣品； c. 拔掉其中一個目鏡，換上對中望遠鏡，并調焦于視野中的兩個相差環上（物鏡的黑色相差環和聚光鏡的透光相差環）； d. 視野中的兩個相差環不一定重合，調節聚光鏡上的兩個調節裝置（調整相差環左右位置的調節桿和調整前后位置的摩擦式轉鈕），使透光環作前后左右移動而與黑環重合； e. 調整好后，換回觀察用目鏡，將綠色濾光片按入光路中，即可觀察到樣品的相差像； f. 有20×和40×物鏡觀察時，聚光鏡應設在Ph2位置上，用100物鏡時，聚光鏡應設在Ph3位置上。 適用范圍：適用于觀察透明、未染色或不能染色的樣品，如各種細胞、活組織、未染色或不染色的組織切片、水生生物等。
